2016年 汤姆斯杯夺冠

2016年2月，简·奥·约根森代表丹麦参加俄罗斯喀山举办的欧洲男子羽毛球团体锦标赛，助球队赢得男子团体冠军。同年3月，他出战德国羽毛球黄金大奖赛，在男单准决赛以1比2（21-16、14-21、17-21）不敌赛会4号种子、中华台北名将的周天成。同年4月，他出战马来西亚羽毛球首要超级赛，在男单准决赛以0比2（7-21、14-21）不敌赛会2号种子、马来西亚一哥的李宗伟。同年4月，他代表丹麦参加法国永河畔拉罗什举办的欧洲羽毛球锦标赛，在男单决赛以0比2（11-21、16-21）不敌赛会2号种子、晚辈的维克托·阿萨尔森，赢得欧锦赛男单亚军。同年5月，他入选汤姆斯杯的男单主力，助丹麦队赢得男子团体冠军。同期5月，他出战印尼羽毛球首要超级赛，在男单决赛以1比2（21-17、19-21、17-21）不敌赛会2号种子、马来西亚一哥的李宗伟，赢得亚军。同年9月，他出战日本羽毛球超级赛，在男单决赛以1比2（18-21、21-15、16-21）不敌赛会头号种子、马来西亚一哥的李宗伟，赢得亚军。同年11月，他出战中国羽毛球首要超级赛，在男单决赛以2比0（22-20、21-13）击败了赛会2号种子、东道主的谌龙，赢得首要超级赛男单冠军。同期11月，他出战香港羽毛球超级赛在，在男单准决赛以0比2（19-21、22-24）不敌印度的萨米尔·维尔马。同年12月，他出战世界羽联超级系列赛总决赛，在小组赛阶段分别击败了中国香港的胡赟以及德国的马克·茨维布勒，唯有输给了中国的田厚威，但仍然以小组次名出线；在准决赛鏖战三局以1比2（17-21、21-19、13-21）不敌中国的田厚威。

2017年2月，简·奥·约根森代表丹麦参加波兰卢宾举办的欧洲羽毛球混合团体锦标赛，助球队赢得混合团体冠军。

2018年2月，简·奥·约根森出战瑞士羽毛球公开赛，在男单决赛以0比2（15-21、13-21）不敌赛会2号种子、印度的萨米尔·维尔马，赢得亚军。同年4月，他代表丹麦参加西班牙韦尔瓦举办的欧洲羽毛球锦标赛，在男单准决赛以1比2（17-21、21-18、15-21）不敌赛会3号种子、英格兰一哥的拉吉夫·欧斯夫，赢得欧锦赛男单季军。同年5月，他入选汤姆斯杯的男单主力，助丹麦队赢得男子团体季军。同年7月，他出战秋田羽毛球大师赛，在男单准决赛以0比2（21-23、16-21）不敌赛会8号种子、泰国的西蒂空·塔马辛。同年10月，他出战中华台北羽毛球公开赛，在男单准决赛以1比2（17-21、21-16、24-26）不敌日本名将的武下利一[10]。